掃描電鏡主要由七大系統組成，即電子光學系統、信號探測處理和顯示系統、圖像記錄系統、樣品室、真空系統、冷卻循環水系統、電源供給系統。

1.電子光學系統包括電子槍、電磁透鏡、掃描線圈、樣品室等，主要用于產生一束能量分布極窄的、電子能量確定的電子束用以掃描成象。

2.信號探測處理和顯示系統：電子經過一系列電磁透鏡成束后，打到樣品上與樣品相互作用，會產生二次電子、背散射電子、俄歇電子以及X射線等一系列信號。所以需要不同的探測器譬如二次電子探測器、X射線能譜分析儀等來區分這些信號以獲得所需要的信息。

3.真空系統主要包括真空泵和真空柱兩部分。真空柱是一個密封的柱形容器。真空泵用來在真空柱內產生真空。有機械泵、油擴散泵以及渦輪分子泵三大類，機械泵加油擴散泵的組合可以滿足配置鎢燈絲槍的掃描電鏡的真空要求。